南京住房公積金管理中心為市政府直屬不以營利為目的的獨立的事業單位，其主要職能為編制、執行南京地區住房公積金的歸集、使用計劃；記載南京地區職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；負責南京地區住房公積金的核算；審批南京地區住房公積金的提取、使用；負責南京地區住房公積金的保值和歸還；編制南京地區住房公積金歸集、使用計劃執行情況的報告；承辦南京住房公積金管理委員會決定的其他事項。

　　南京住房公積金管理中心受理的業務包括住房貸款（包括組合貸款和受理商業貸款）；為借款人提供住房置業擔保服務；住房公積金委托提取還貸；住房公積金和新職工住房補貼提取；單位住房公積金開（銷）戶登記；住房公積金卡務；住房公積金個人帳戶查詢；住房公積金和住房金融政策咨詢。